Беда пришла откуда не ждали - несколько дней назад сервер начал сам перезагружаться. Причём явно из-за запредельной нагрузки на диск. А диск новый, S.M.A.R.T. всё зелёное. Всё не было времени этим заняться, но дальше жить так тоже невозможно. Отключил все сайты и разные сервисы, перезагрузки пропали. Буду постепенно включать нагрузку, похоже на атаку из Сети.